Esta tarde he tenido que ponerme a comparar ficheros de configuraciones como si no hubiese un mañana, de casualidad he descubierto un programa que lo hace de forma gráfica (para windows) y que te permite hacer después copy&pastes de forma sencilla. Me ha ahorrado bastante tiempo.
El programa en cuestion se llama Compare it y se puede descargar desde el siguiente enlace.
http://www.grigsoft.com/wincmp3.htm
Instalado y apuntado … mas cómodo que usar el plugin del notepad++ y no digamos que ir haciendo diffs a ficheros.