Un mensaje que salia de vez en cuando desde que subí la versión de PHP a la 7.0. Curiosamente solo sale en una de las bases de datos (sobre los 40mb) de la maquina que tiene mas recursos.
La solución es simple … subir el timeout (o mas bien añadir el tiempo de timeout) en el virtualhost.
De tal forma que quede mas o menos asi.
AddHandler php7-fcgi .php
Action php7-fcgi /php7-fcgi
Alias /php7-fcgi /usr/lib/cgi-bin/php7-fcgi
FastCgiExternalServer /usr/lib/cgi-bin/php7-fcgi -socket /var/run/php/php7.0-fpm.sock -idle-timeout 1800 -pass-header Authorization
Reinicio del Apache y listo … el mensaje deja de aparecer (supongo que cuando la bbdd crezca habrá que subirlo mas).